天正十三年(1585)三月から四月にかけて戦われた羽柴秀吉による徹底した紀州攻めによって根来衆や雑賀衆の抵抗は鎮圧された。反権力と自治志向の強い寺社勢力との戦いは織田信長にはじまり秀吉によって終わったといえる。

　その紀伊国を秀吉は弟秀長に与え、近世的支配の拠点として和歌山城を築いたのである。秀吉はここ吹上ノ里の虎伏山にみずから縄張りしたと言われる。普請奉行には藤堂高虎、羽田一庵法印が命ぜられ、年内には本丸、二の丸が完成した。初期の和歌山城である。

　この当時、秀長は大和、和泉、紀伊三ヵ国百万石の太守として大和郡山城に入城して居城としていた。このため、秀吉は桑山重晴を秀長の家老として三万石(後に四万石)を与え、和歌山城の城代とした。

　慶長元年(1596)、重晴は出家隠居して嫡孫の一晴に二万石を譲って城主とした。

　慶長五年(1600)の関ケ原合戦で天下の情勢は大きく変わることになる。この翌年(1601)、関ケ原の戦功により浅野幸長(よしなが)が甲斐府中(甲府城)から三十七万石を拝領して和歌山城に入った。

　この浅野氏の時代に連立式天守が建造されたと言われ、内堀や石垣の増改築が実施され、また大手を岡口門から一ノ橋口に改められた。そして城下町の整備も進められている。

　慶長十八年(1613)、幸長没して弟長晟(ながあきら)が継ぐ。

　元和五年(1619)、長晟は安芸国へ移封となり、替わって徳川頼宣(家康第十子)が駿府(駿府城)五十万石から紀伊国と伊勢国の一部を合わせて五十五万五千石で入部した。

　元和七年(1621)、二代将軍秀忠から普請費用として銀二千貫を賜り、城の増改築が実施された。この工事は南の丸に高石垣を築くなどして大規模なものとなった。この大規模工事は幕府が目をつけるところとなり、陰謀の嫌疑がかけられたと言われ、付家老の安藤帯刀の弁明で事無きをえたという経緯がある。

　正保年間(1644-47)の城下町拡張工事に際しても幕府の嫌疑がかかり、工事を中止している。城の南に堀止の地名があるが、それは工事中断の名残であると言われている。

　弘化三年(1846)、落雷により天守と櫓4ヵ所、蔵3棟などを焼失した。一般的には天守の再建は認められないのであるが、御三家の家格を考慮して特別に天守の再建が許可され、嘉永二年(1850)に完成した。

　ご存知の通り、紀州徳川家からは八代将軍吉宗、十四代将軍家茂が出ている。

　明治四年(1871)、廃藩となり、和歌山城も廃城となった。城の建造物は取り壊しとなったが、天守のみは和歌山区長らの反対で残されたと言われる。そのおかげで昭和十年(1935)には国宝に指定されたが、残念ながら昭和二十年(1945)七月九日の和歌山大空襲で焼失してしまった。

　戦後、昭和三十三年(1958)に鉄筋コンクリート造りで天守が再建され、今日に至っている。