関ケ原の合戦(慶長五年/1600)で敵中を突破して退却する西軍島津勢を猛追して活躍した井伊の赤鬼こと井伊直政は翌年一月、上野高崎城十二万石から近江佐和山城十八万石に加増転封となった。

　佐和山城は西軍を指揮した石田三成の居城であり、古くより近江の要衝として重要視されてきた城でもある。五奉行筆頭の石田三成によって城は拡充され、城下町も整備されていた。しかし、中世的な山城であることと山麓の城下町整備にも限界が見えていたため、入部した井伊直政は湖岸に面した磯山(米原市磯)へ新築移城を考えていたらしい。何よりも石田三成の居城であったことが気に入らなかったとも言われている。

　ところが慶長七年(1602)二月に直政は没してしまう。関ケ原の戦傷が悪化したためと言われている。家督は長男直継が継いだが若年のため家老の木俣守勝、鈴木重好らがこれを補佐した。

　木俣守勝は直政の遺志を継いで居城を移すことを徳川家康に相談した。磯山か彦根山に移すか、現状のまま佐和山を居城とするかの三案であったという。結果は佐和山城を廃して彦根山に新たな城を築くことになった。彦根山は金亀山(こんきやま)とも呼ばれる。

　慶長九年(1604)七月、築城工事が開始された。築城には幕府から六人の奉行が派遣され、尾張、越前など十二の大名が助役を命ぜられた。いわゆる天下普請である。

　この当時、大坂城には豊臣氏がいまだ健在であり、地理的にも湖東の要衝にあることから工事は急ピッチで進められた。石垣や建造物は大津城、安土城、長浜城、小谷城、佐和山城、近江八幡城といった城から集められた。天守は大津城から、天秤櫓は長浜城から、太鼓門や佐和口多門櫓は佐和山城から、西の丸三重櫓は小谷城から移築されたと言われている。

　同年末には鐘の丸が完成し、藩主直継は佐和山城から彦根城へ移った。翌慶長十年(1605)には徳川家康自ら築城の様子を見分したと言われている。

　慶長十二年(1607)頃、本丸天守が完成。直継は鐘の丸から本丸御広間へ移った。

　慶長十九年(1614)、大坂冬の陣。直継は病弱であったので直政次男の直孝が軍勢を率いて出陣した。城南に布陣した赤備えの井伊勢は同じく赤備えの真田勢と真田丸前で戦闘となり、大きな損害を出してしまうが、家康はその武勇を褒めたという。

　翌年二月、幕命により直継は上野安中三万石に移され、直孝が彦根藩主となった。直孝は五月の夏の陣では木村重成を討ち取り、大坂城内に進撃して豊臣秀頼らを山里曲輪に滅ぼす活躍を見せている。戦後も直孝は三代将軍家光の後見役となるなどして幕閣の宿老として重きをなした。

　築城工事は元和二年(1616)から彦根藩単独で再開され、表門、御殿、城下町が整備された。工事完了は元和八年(1622)とされている。

　石高も幾度の加増を重ね、寛永十年(1633)には譜代最高の三十万石に達した。その後、井伊氏は転封もなく十七代(数え方に諸説あり)続いて明治に至った。その間、直興、直幸、直亮、直弼らが幕府大老を務めている。