明石城が築城される以前、この地域を統べる城は船上城(明石市新明町)であった。船上城は山陽道と明石海峡を扼する要衝の地にあり、嘉吉の変(1441)頃に設けられたと言われる。その後、天正十三年(1585)に羽柴秀吉の命で高山右近(高槻城主)が六万石で入城してから増改築された。大坂の陣(1614-15)で豊臣氏が滅び、戦国争乱の世に終止符が打たれて間もなく、元和三年(1617)に小笠原忠真が信州松本(松本城)から十万石に加増されて明石に入部、船上城に入った。

　翌元和四年(1618)、二代将軍徳川秀忠から忠真に新城築城の上意が下された。西国外様を押えるために交通の要衝である明石を重視した将軍秀忠の命令であった。また、築城に際しては姫路城主本多忠政と相談して進めるように指示されていた。忠政は猛将本多忠勝の嫡男で将軍秀忠の娘千姫の義父でもあることから将軍家の信任は厚かったのである。この忠政の娘亀姫は小笠原忠真に嫁いでいるから婿・舅の関係にあった。

　明石築城に際して忠政は自ら足を運び、小笠原家の老臣春日信次、久士目佐次右衛門と領内を視察するほどの力の入れようで忠真への協力を惜しまなかった。候補地を和ヶ坂(明石市和坂)、赤松山、塩屋(神戸市垂水区)に絞り、小笠原家臣日高右衛門兵衛、石川左京、山口主水の三人を使者として江戸へ派遣、将軍秀忠の決裁を仰いだ。結果、赤松山(人丸山)への築城が決まり、元和五年(1619)正月から工事が始まった。築城にあたり、幕府は銀一千貫と都筑為政、村上吉正、建部政長を奉行として派遣した。

　城地となった赤松山は人丸山とも呼ばれ、万葉の歌人柿本人麻呂を祀る人丸社(月照寺)があった。築城に際して社と寺は東方の丘上に移された。現在の月照寺と柿本神社がそれである。

　築城は突貫工事で進められ、船上城や三木城の石垣や部材が転用され、さらに伏見城解体によって三重櫓(坤櫓)や門(切手門)が移設された。元和六年(1620)秋には完成したと言われ、城は「鶴の城」または「錦江城」(城の前の海を錦江湾と呼んでいた)と呼ばれた。本丸西側には天守台が設けられたが天守の建造は認められなかったようだ。また、城下の町割りは当時小笠原家の客分となっていた宮本武蔵が行ったとも伝えられている。

　寛永九年(1632)、忠真は豊前小倉十五万石(小倉城)に転封となり、翌年に松平(戸田)庸直が七万石で入部したが早逝したため甥の光重が藩主となった。光重は寛永十六年(1639)に美濃加納(加納城)に転じ、入れ替わりで大久保忠職が封じられた。慶安二年(1649)、忠職は肥前唐津(唐津城)に転封となり、丹波篠山(篠山城)藩から松平(藤井)忠国が七万石で入部した。

　松平(藤井)氏時代は三十年続き、忠国の後を継いだ信之は名君として知られる。信之は新田開発をはじめ用水路設置、防風林造成など領内整備に努めた。文化面でも荻生徂徠の門人片山兼山を招いて明石城内十景を選定させている。この時に「喜春城」の雅名が付けられた。

　延宝七年(1679)、松平信之は大和郡山(郡山城)に転封となり、入れ替わって本多政利が六万石で封ぜられた。政利の治世は過酷なものであったためその責めを負わされ、三年後には陸奥岩瀬藩へ減知転封となった。

　天和二年(1682)、越前大野藩(大野城)松平(越前)直明が六万石で入部した。以後はこの松平氏が十代百八十六年続いて明治に至った。